Niklaus von Flüe wächst in einer wohlhabenden Bauernfamilie in Obwalden auf. Seinen Namen empfängt er von der Kirche, die vom Wohnaus der Familie aus an der anderen Talseite zu sehen ist.
Dort ziert ein Bilderzyklus die Wände des Kirchenchors. Sie erzählen von der Geburt, vom Leidensweg und von der Auferstehung und Himmelfahrt Jesu Christ. Und ebenso vom Namenspatron der Kirche, dem Heiligen Nikolaus von Lyra. Wahrscheinlich hat Niklaus diese Bilder oft betrachtet und früh schon über ihre Botschaft nachgedacht. Sein Kindheitsfreund Erni Rohrer berichtet, dass Niklaus sich schon als Kind gelegentlich von der Schar der spielenden Altersgenossen zurückgeztogen habe zum stillen Gebet.
Getauft worden ist Niklaus nicht in der Pfarreikirche Sachseln, sondern in derjenigen im (fast ebenso nahe gelegenen) Kerns.